При осъществяване на своите функции Комисия за противодействие на корупцията, разследващите инспектори и инспекторите, осъществяващи оперативно-издирвателна дейност си взаимодействат съобразно предоставената им компетентност с други държавни органи, Комисията за отнемане на незаконно придобитото имущество, Прокуратурата на Република България, Европейската прокуратура, Министерството на вътрешните работи, Министерството на финансите, Агенцията за държавна финансова инспекция, Държавна агенция „Национална сигурност“, Национална агенция за приходите, Агенция „Митници“, Главният инспекторат към Министерския съвет, Инспекторатът към Висшия съдебен съвет и инспекторатите по чл. 46 от Закона за администрацията.