Дирекция „Конфликт на интереси“ извършва проверки за установяване наличието или липсата на конфликт на интереси по отношение на лицата по чл. 6, ал. 1 от Закона за противодействие на корупцията (ЗПК), въз основа на сигнал, подаден до Комисията, по решение на Комисията или по постъпило искане на лицето, заемащо публична длъжност. Установяване на конфликт на интереси не може да се извършва по анонимен сигнал. В хода на проверките по образувани производства за конфликт на интереси се изисква и получава необходимата информация и документи от комисиите по чл. 90, ал. 2, т. 1 и 3 от ЗПК, съответно от органа по избора или назначаването, органите на държавната власт, органите на местното самоуправление, както и от юридически и физически лица. Извършват се справки чрез пряк достъп до електронните регистри, база данни и други информационни масиви, поддържани от други държавни органи, с изключение на службите за сигурност. При наличие на данни за извършено престъпление, дирекцията прави предложение до Комисията за подготовка и изпращане на материалите незабавно на прокуратурата.
Дирекция „Конфликт на интереси“ изготвя проекти на решения, заедно с мотивите към тях, за образуване на производство за конфликт на интереси или за липса на основание за образуване на производство; решения за установяване на конфликт на интереси, както и за нарушения по чл. 86 и 87 от ЗПК и налагане на глоба по чл. 113 от ЗПК и определяне на нейния размер, както и за отнемане по реда на чл. 99 от закона; решения за неустановяване на конфликт на интереси; решения за удължаване срока на производството на основание чл. 74, ал. 1 от закона; решения за прекратяване на образуваното производство, както и други решения по реда на Административнопроцесуалния кодекс (АПК).
Задължение на дирекция „Конфликт на интереси“ е и изготвянето на проекти на писма за съобщаване на приетото от Комисията решение на лицата по чл.93 от ЗПКОНПИ, а имено: заинтересованото лице; органа, компетентен да прекрати правоотношението; окръжната прокуратура по седалището на органа, компетентен да прекрати правоотношението.
Служители от дирекция „Конфликт на интереси“ осъществяват процесуално представителство на Комисията и на нейния председател по образувани дела по производства за конфликт на интереси.
След влизане в сила на решение на Комисията, с което е установен конфликт на интереси, дирекцията има задължението да изготви доклад до Комисията с приложен проект на решение за изпращането му на Комисията за отнемане на незаконно придобитото имущество за започване на проверка по реда на Глава Десета, чл. 108, ал. 5 от ЗОНПИ - поради установен с влязъл в сила акт конфликт на интереси.